Durante la primera anualidad del Proyecto Digital-BioCoV (2021) se ha hecho una selección tanto de los hongos como de las microalgas que podrían tener un mayor potencial para el tratamiento anti COVID-19.
Se ha llevado a cabo un diseño experimental para la obtención de los extractos y fracciones de los hongos y las microalgas con el objetivo de optimizar el proceso de manera que se minimicen los tiempos de obtención y los costes.
En este tiempo se llevó a cabo la expresión de los plásmidos de cada una de las proteínas en las bacterias y se han obtenido los distintos pellets de cada una de las poblaciones bacterianas. Se han implementado los métodos analíticos para el estudio de los extractos y fracciones mediante espectroscopia de MS. Se utilizará una aproximación dirigida y otra no dirigida en función del tipo de fracción.
La adquisición se hará en modo IDA (information dependant acquisition) con un survey scan con un rango que se optimizará en función de las masas detectadas.
A lo largo de estos meses se han estudiado posibles alternativas a la similitud de cosenos no sólo en el campo específico de análisis de espectros de masas, sino de otros campos en los que se utiliza un enfoque basado en la utilización de vectores, como por ejemplo en el análisis de documentos, se han analizado alternativas como Spec2Vec, M2DeepScore, Algoritmos de clústering.
Se han desarrollado pilotos de estos algoritmos utilizando Python y R, para validar su precisión y aplicabilidad al análisis de los espectros MS/MS, utilizando para ellos datasets públicos descargados desde: https://chemdata.nist.gov https://gnps.ucsd.edu en tanto no se dispone de suficientes muestras obtenidas en el proyecto.”
